La Flagellation (vers 1460), 81,1 × 59 cm, tempera sur bois, Galerie nationale d'Urbino. Francesco naît près d'Arezzo, apprend à Florence, puis collabore avec Domenico Veneziano pour décorer l'église Sant'Egidio. En 1451, il sert le seigneur Sigismond Pandolfo Malatesta et décore l'église San Francesco de portraits de son maître, ce qui vaut au lieu d'être appelé « temple Malatesta ». Invité à retourner dans sa patrie Arezzo pour décorer l'église San Francesco de la série L'Histoire de la Vraie Croix, sa réputation de talent s'étend, faisant de lui le peintre le plus éminent de l'époque. En 1470, invité par Frédéric de Montefeltre, duc d'Urbino, il devient peintre de cour à Urbino ; c'est là qu'il rencontre des artistes francophones et réalise ses œuvres majeures, comme les fresques de la Cour d'Urbino et les excellents portraits du couple ducal.

Influencé par la rigoureuse perspective spatiale d'Uccello et par son ami mathématicien Lucio Pacioli, qui l'inspire à construire l'espace par des principes numériques, Francesco devient, sous l'influence de la technique picturale fine et délicate des Francs, le maître le plus accompli de la représentation spatiale perspective du début de la Renaissance. La Flagellation est une image chargée de significations politiques : elle suggère Jésus-Christ souffrant, métaphore de la chute de Constantinople en 1453, de l'effondrement de l'Empire byzantin et de la domination des peuples chrétiens par le régime autocratique de l'Empire ottoman turc. C'est aussi un chef-d'œuvre classique de perspective architecturale ou mathématique parfaite, présentant un espace novateur grâce à la structure architecturale ponctuelle et à la distribution des tailles des personnages. Sous un réalisme naturel solide, les formes et volumes parfaits, la lumière unifiée, les tons doux et la structure rigoureuse sont mis en valeur, avec une attention particulière portée aux figures détaillées au premier plan.

La scène complète est divisée en deux récits distincts dans un paysage architectural unifié, suggérant deux lieux différents. Au premier plan, à l'extérieur, trois personnages d'âges et de vêtements variés, centrés sur un jeune homme en rouge, engagent un dialogue politique solennel, débattant de l'envoi d'une expédition militaire occidentale. À l'arrière-plan, à l'intérieur, Jésus-Christ, demi-nu et les mains liées derrière le dos à une colonne ronde en marbre, subit la flagellation de deux soldats tenant des fouets levés. Devant eux, un homme portant un turc arabe, tourné vers nous, et un autre assis à gauche portant un haut chapeau pointu (souverain ottoman ?), participent directement à cette punition. On peut imaginer que ces trois hommes au premier plan, absorbés dans leur discussion, s'inquiètent de cet événement. Dans une narration ingénieuse, l'allégorie politique est dramatiquement mise en scène, constituant un exemple rare de peinture de la Renaissance.